Ngày 2 tháng 7 năm 1955, Gioan Baotixita Bùi Tuần được thụ phong linh mục tại Hồng Kông.[7] Trong sách "Tâm tình với linh mục", có đoạn ông viết: "Tối ngày mùng 1 tháng 7 năm 1955 tại Trường Dòng Đa Minh trên quả đồi Rosary Hồng Kông, trong bầu không khí tĩnh tâm, tôi quỳ trước cha Linh Hướng để bày tỏ nỗi sợ của tôi. Tôi sợ lãnh chức Linh mục vì tôi thấy mình quá bất xứng… nhưng lời cầu chối từ không thành"

Cuối năm 1955, ông về Việt Nam, sống trong trại di cư Long Phước Thủ Đức, sau đó được "bề trên" cử đi du học tại Roma nước Ý. Nhưng chính quyền Việt Nam Cộng hòa tình nghi nên hoãn và không cho đi. Ông phải liên hệ với Khâm sứ Tòa thánh nhờ can thiệp. Tòa thánh liên lạc với Tổng thống Ngô Đình Diệm. Vài hôm sau sau, thư ký của Tổng thống cho xe đón linh mục Tuần vào dinh Gia Long và thông báo Ngô Đình Diệm đồng ý cho ông sang Roma học. Tốt nghiệp cử nhân triết học Roma, nhờ học giỏi, được học bổng, ông được chọn đi học tiến sĩ triết học tại Trường Đại học Thụy Sĩ và tốt nghiệp bằng tiến sĩ triết học. Sau đó, ông đến Trường Đại học Pheu-bua (Đức) học chương trình nâng cao tiến sĩ triết học… Sau gần 10 năm tu học, ông trở về miền Nam Việt Nam.

Năm 1964, ông được bổ nhiệm dạy học tại Trường viện Châu Đốc rồi làm Giám đốc Đại Chủng viện Long Xuyên sau đó tiếp tục dạy học tại Chủng viện Rạch Giá, tỉnh Kiên Giang... Hơn 10 năm tiếp theo, ông đi làm mục vụ cho giáo dân trong bối cảnh đất nước có nội chiến.